1.清理。玉米糝加工設備清理工序不完善致使玉米在清理過程中砂土、石塊等不能有效清除，小型工廠的設備都是一個流程走下去的。
2.制粉。不采用新的制粉工藝，導致玉米的加工不精良，如不采用脫皮制粉工藝，造成玉米表皮上的灰分、農藥等有害物質殘留量污染物進入到面粉中。
3.生產安全。玉米糝加工設備結構復雜，傳動件和電控件較多，細節也比較多，小廠家生產的設備中有的設備很少去檢查參數的現象，安全意識也不是很強。有的甚至在機械的危險部位沒有安全防護或安全警示，對操作者和其他工作人員的人身安全，造成安全隱患。
4.加工工序的完整。如果缺少了某個流程，將會直接影響到加工效果。玉米糝加工設備操作流程包括清理去石、水分調節、脫胚破碴、脫皮提胚、磨粒提粉、分級篩選等。
5.部件保養。操作人員還需要定時的給玉米糝加工設備主要部件，比如軸承，添加固定種類的潤滑油，幫助其潤滑。一般情況下，不建議經常換潤滑油的種類。
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